刘元卿从小发奋读书,隆庆四年(1570年)在江西乡试中夺魁,后来在他人的推荐下,带着向朝廷的上书和文卷参加会试,但因“五策伤时,忏张居正”,未获取录,还险遭杀身之祸。隆庆六年(1572年)他创立复礼书院。万历二年(1574年)再次参加考试,又没有被取录,于是绝意功名,回到家乡,研究理学,收徒讲学。
万历七年(1579年)神宗诏毁书院,全国大多数书院被迫停办,而刘元卿把复礼书院改名为“五谷神祠”,仍聚众讲学如故。后来学禁解除,复礼书院又恢复原名,此后名声更大,“道日益隆,誉日益广”。复礼书院有严密的学规,且教育质量好,以致湖南、湖北等省的有志之士都不远千里来此求学,海内学者对刘元卿的学识非常钦佩,誉他为“泰山北斗”。刘元卿还创办了识仁、中道、一德等书院,至此,他与当时省内名流吴康斋、邓潜谷、章本清齐名,被人们称为“江右四君子”。
随着知名度扩大,不少官员多次上书朝廷,推荐刘元卿,称刘元卿为“负迈俗之志节,蕴济世之经纶”。皇帝非常重视,授他为“国子博士”、“阶承德郎”衔,特别下旨叫刘元卿去京城做官。但刘元卿悉心讲学,不肯去做官。后来皇帝又再次派员催他赴任,刘元卿再三推辞不掉,只好应召入京。不久,即升礼部主事。在朝三年,他提出了许多有利于封建王朝的举措,在《请举朝讲疏》、《节制贡吏疏》、《直陈御倭第一要务疏》中,阐述了自己的政治主张,对于革除弊政、安定边陲、抵御外侮都是非常有利的。可惜刘元卿的这些政治主张,得不到皇帝的采纳,于是他称病辞归,告老还乡。